Los primeros datos que disponemos de la devoción a María Santísima de Alharilla en la villa de Lopera arranca en el año 1887 cuando a instancias del párroco de Lopera Manuel de Torre Rodríguez, el matrimonio compuesto por Fermín Estrada y Verjano (Cádiz 1835-Lopera 1895) y Benita Peralta Bueno (Lopera 1834- Lopera 1903) con una veintena de loperanos fundan la Cofradía de la Virgen de Alharilla de Lopera el 1 de Noviembre de 1887, la cual tenía por objeto “dar culto a María Santísima de la Encarnación, bajo el titulo de Alharilla y asistir en romería a la fiesta que se celebra en su Santuario a extramuros de la villa de Porcuna”. A continuación se redactaron unos estatutos para el régimen y gobierno de la Cofradía de Ntra. Sra. de Alharilla en la villa de Lopera. Los primitivos estatutos se componen de 29 artículos más uno adicional. De los mismos podemos entresacar algunos datos de relevancia: entre ellos que la cuota de entrada en la cofradía se fijó en 6 pesetas y la anual en 4 pesetas, asimismo tendría cada hermano que pagar de su pecunio el distintivo de la Hermandad, que sería un escudo de seda azul con la imagen de la Santísima Virgen de Alharilla, cuya confección correría a cargo de la Junta Directiva, para que todos fueran iguales. La Junta Directiva de la nueva hermandad estaría compuesta por el Presidente nato, que sería el Cura Párroco de la iglesia de Lopera, además de un Mayordomo o Hermano Mayor, dos Consiliarios, dos Abanderados y un Secretario que a la vez será el Tesorero de la cofradía.
En cuanto a los nombramientos de los cargos se regirían de la siguiente manera: El de Mayordomo lo desempeñará el primero de la lista de los hermanos que se formaran tras la asignación numérica que resultase del sorteo y así sucesivamente cada año, si bien se acordó que el primer Mayordomo de la Cofradía fuera Fermín Estrada y Verjano, el cual hizo donación tanto de la primera bandera, como del banderín a la Cofradía, así como albergue en la casa que poseía inmediata al Santuario de la Virgen de Alharilla. Hay que resaltar que la familia Estrada Peralta poseía una extensión considerable de terreno en torno al Llano donde se ubicaba el Santuario. Los cargos de Consiliarios se designarían al último y penúltimo de la lista resultante del sorteo, siguiendo este mismo orden de los números más altos a los más bajos en los años sucesivos. Los Hermanos que obtuvieran los dos números medios de la lista comenzaran siendo los Abanderados, considerándose como primer abanderado el de más bajo y segundo al más alto y así se seguiría en los años siguientes, caminando aquel hacia el principio de la lista y éste hacia el final de ella.
Asimismo se recoge en los estatutos el celebrar todos los 25 de marzo una Fiesta Solemne en la Parroquia de Lopera dedicada a Ntra. Sra. de Alharilla y acudir al acto religioso que se celebrará todos los segundos domingos del mes de mayo de cada año. La Junta General de la cofradía sería la encargada de nombrar cada año un Capellán para acompañar a la Hermandad en sus actos públicos y oficiar la Fiesta religiosa celebrada cada año en el Santuario de Alharilla el día de la Romería. Como curiosidad se recoge que para evitar emulaciones se prohibía terminantemente que el Hermano Mayor o Mayordomo obsequiara con algún refresco, en las reuniones que celebrase la cofradía, y en el caso de darse correría por cuenta de los fondos de la Hermandad. La Junta General de la Cofradía de la Virgen de Alharilla de Lopera se celebraría todos los domingos de Carnaval de cada año.
Siguiendo con la historia de la cofradía tras la muerte del matrimonio Estrada Peralta y al no tener descendencia se hacen cargo de la cofradía y de sus posesiones en Alharilla su sobrina Marina Orti Peralta natural de Lopera y su marido Juan José Jurado González (Bujalance (Córdoba) 1846- Lopera 1899). Estos mantienen a sus expensas la asistencia cada año a la romería de la Cofradía. A su muerte se hizo cargo de la misma su hija María Jurado Orti (su abuela paterna Ana González Lara era de Porcuna y le trasmitió su devoción por Alharilla) y su marido el granadino Tomás López Luque, los cuales mantendrán la cofradía hasta el año 1983 a través del encargado de la familia López Jurado, el loperano Manuel Huertas Navarro, el cual siguió acudiendo a cada romería con un grupo de trabajadores de la empresa y sus propios hijos en muchas ocasiones ejercieron de Hermanos Mayores de Alharilla. Aquí se inicia un vacío en cuanto a Cofradía que durará hasta el año 1995, cuando, siendo mayordomos de la Cofradía de Porcuna Miguel Moreno Lorente y su esposa Gloria M. Madueño Jiménez, un grupo de loperanos encabezados por Francisco Martínez Expósito acudan a la romería con las banderas antiguas de la Cofradía de Alharilla de Lopera, siendo costeados todos los gastos por los mayordomos de Porcuna. Al año siguiente volvieron a acudir a la romería, si bien fueron expulsados de la comitiva por el párroco aduciendo que no eran cofradía. A pesar del vacío sin cofradía hay que resaltar que durante los mismos los loperanos no han dejado de asistir en masa cada año a la Romería de Alharilla, a pesar de no haber cofradía. Será con la llegada del nuevo párroco a Lopera en mayo de 2013 Manuel Casado Huertas, natural de Porcuna, el que reactive la formación de un Grupo Parroquial dedicado a recuperar la devoción por la Virgen de Alharilla, que desencadenarán en una futura Cofradía de Alharilla en Lopera.
