Testimonios arqueológicos señalan la presencia humana en el pago de Alharilla desde época ibérica, continuando desde entonces su ocupación y destacando la existencia de una necrópolis visigótica. Aunque no podemos afi rmar que Alharilla fuera el fundo Valles, suburbio de Obulco, en el que existió en el siglo sexto una capilla dedicada a Santa María, como lo atestigua la lápida conmemorativa, que los eruditos fechan en el siglo VI y que constituye el testimonio epigráfico más antiguo del culto a la Virgen en tierras peninsulares.
Tras la conquista musulmana esta villa debió continuar siendo una extensa alquería o un núcleo poblacional, realizando su nombre y legandonos para la perpetuidad.
Ignoramos actualmente el devenir de Alharilla tras la reconquista cristiana, la tradición recoge la milagrosa aparición de la imagen en la noche del 24 al 25 de marzo del año 1248, sin embargo la primera mención, conocida, de Alharilla data de los primeros años del siglo XV en que la “Heredad de Alharilla y su jurisdicción” pertenece al personaje más influyente de la Corona de Castilla, como es el condestable don Ruy Lope Dávalos, pasando esta Heredad posteriormente a manos el conde don Fadrique de Aragón y del condestable don Álvaro de Luna, para acabar en 1434 en manos de la Orden de Calatrava. Desconocemos en que momento se edificará en ella el primitivo templo, pero es de suponer que esta Heredad, que debió ser de gran importancia, teniendo en cuenta las relevantes personas que la poseyeron y que llevaba anexa su jurisdicción, necesariamente debió tener un lugar para el culto y atención espiritual de sus moradores, que posiblemente estuviese dedicado a Santa María de la Encarnación, advocación que siempre ha sido y es la titular de Alharilla, y que, así mismo, desde época temprana se erigiese una cofradía encargada de mantener y aumentar el culto a su titular.
El primer documento que nos ha llegado, de la cofradía de “Señora Santa María de Alharilla” data de 1490, aunque se hace referencia a visitas realizadas en años anteriores. La cofradía estaba perfectamente consolidada y gozaba de un patrimonio, con el que mantenía la ermita y culto a su imagen titular en Alharilla, así como obras de caridad, ya que se nos informa que además los bienes en dinero, trigo, ornamentos, vestiduras, etc. que posee, tiene comprada una casa dentro de la villa en la que están construyendo un hospital a sus expensas. Los devotos celebraban la Romería anual acudiendo al Santuario en la tarde-noche del 24 de marzo para pasar allí la vigilia y continuar la fiesta el día 25, festividad de nuestra Patrona.
Al finalizar el siglo, el 26 de febrero de 1594, el templo alcanzó un gran privilegio, por el cual el Santuario de Alharilla es declarado filial a la iglesia de San Juan de Letrán de Roma y el altar del Santuario queda incorporado a dicha basílica gozando de todos los beneficios e indulgencias que a tal filiación correspondían.
En los primeros años del siglo XVIII se realizan importantes aportaciones al santuario entre ellas la construcción, en 1702, del retablo que se hizo con el dona tivo enviado desde América por un devoto, como nos desvela la visita de 1719.
En 1799 tras la toma de cuentas los visitadores pasaron a visitar la ermita y santuario y aunque no realizan una detallada descripción de la iglesia en la que se habían operado importantes transformaciones nos dejaron la descripción de los nuevos altares laterales que se habían erigido dedi cados a Nuestra Señora de la Caridad y al Cristo de la Piedad, que nos confirma lo aseverado por Manuel Heredia en su Historia de Porcuna, de que en el año 1763 se levantó altar y retablo al Cristo de la Piedad.
Obra que continuó en 1887 con la realización de la nueva portada del Santuario, que conocemos a través de tres grabados distintos realizados en esa época
Como consecuencia de la Guerra Civil el Santuario y sus edificaciones anexas resultaron altamente dañadas, dado que Alharilla permaneció casi toda la contienda entre los dos frentes, en zona de incursiones de uno y otro bando, sufrió importantes daños y un abandono total durante los cerca de los tres años que duró la contienda, por ello terminada ésta se procedió a su reparación por parte de la Dirección General de Regiones Devastadas con “tapamiento de boquetes en las bóvedas, enlucidos, reconstrucción de impostas, pintura y demás arreglos consignados en el presupuesto como son: restauración del camarín, pilas de agua bendita, barandas, escalera del coro, etc.” así mismo se colocó una nueva campana, y en el frontal de patio se levantaron las casas del capellán y santero mientras que en el lateral izquierdo se situaron las casas de las cofradías. Con anterioridad y en plena contienda se había vuelto a entronizar una nueva imagen, en sustitución de la destruida por la furia iconoclasta, y tras las obras de adecuación se procedió a dotar al Santuario de todos los elementos necesarios para el culto, exorno del templo y atención a los fieles, tanto la imagen como estos elementos fueron sufragados por suscripción popular con los donativos realizados por cofrades y devotos.
Sin embargo la mayor reforma hubo que llevarla a cabo por el gran deterioro que mostraba su estructura a finales del pasado siglo, en 1975 se elaboró un proyecto de restauración que se vio pronto completamente desbordado, pues en 1978 se hundió el techo de la sacristía y el presbiterio y camarín de la Virgen estaban en tan malas condiciones que fue necesario su derribo, por lo que en Junta General celebrada en junio de 1979, se acordó llevar a cabo un proyecto mucho más ambicioso por su necesidad, pues se pudo apreciar que la iglesia y edificaciones anexas se deterioraban a pasos agigantados. Las obras duraron varios años, durante los cuales fue necesario trasladar la Virgen a la parroquia, se reforzaron los muros del templo, se derribó el camarín y se prolongó la iglesia hacia el Este, ampliando el presbiterio y dejando lugar para la construcción de un nuevo camarín, se edificó de nuevo el tejado y bóvedas, los edificios antiguos de los santeros y capellán fueron derribados por su ruinoso estado y sobre ellos construido un gran salón para los actos de la cofradía, se cerró con verjas de hierro el patio de la ermita y se adecenta y adorna todo el santuario.
En mayo de 1981, las obras de la ermita estaban prácticamente concluidas por lo que la Virgen pudo volver definitivamente a su casa el día 2 de mayo. La carencia de fondos impidió que se edificara un nuevo camarín, siendo la Virgen colocada en el frontal del presbiterio sobre un pedestal marmóreo dentro de una urna de madera tallada, obsequio de los hermanos mayores y colocándose a su derecha e izquierda sendos cuadros alegóricos de Manuel Bueno Carpio.
En el año 1987-8 se procedió a la erección del nuevo retablo, realizado en ladrillo arjonillero, azulejo y piedra, situado tras él el camarín de la Virgen, que se dispone de forma que los devotos puedan pasar por él y subir hasta la Virgen. Fue realizado siguiendo el diseño del arquitecto y gran devoto de la Virgen el arjonillero Luis Alonso Salcedo y sufragado con los donativos de los devotos.
El 13 de abril de 1997 se procedió a la bendición del templete-monumento erigido en el Llano por los hermanos mayores de este año y como prolegómenos a la Romería de 2001 se bendijeron las obras de mejora realizadas en el Santuario, que consistieron en la colocación en todo el perímetro interno del templo de un zócalo de piedra local con azulejos de escenas romeras, de una alegoría de la aparición y del patronato de San Benito, realizadas por el ceramista andujareño Pedro Palenciano, también se inauguraron dos cuadros de gran tamaño, obra de José María Recuerda Cobo, que fueron colocados en dos marcos procedentes de la antigua urna que en su día sirviera de trono para la Virgen.
Recientemente, en 2010, las últimas actuaciones realizadas han consistido en la remodelación y adecentamiento de la capilla del Santísimo y de la sacristía.
La capilla del Santísimo ha quedado convertida en centro de recogimiento y oración ante el sagrario, instalado un nuevo altar de mármol blanco, con lámpara permanente y en su pared se ha colocado un cuadro con una alegoría del Santísimo Sacramento en manos de los fundadores de dos de las órdenes que establecieron conventos en la localidad, Santo Domingo de Guzmán y San Francisco de Asís. Por otra parte la sacristía ha quedado confi gurada para ejercer dignamente la función a la que está destinada.
En resumen podemos decir que el más que centenario Santuario de Nuestra Señora de Alharilla, constituye un centro de espiritualidad de primer orden, con todos los medios necesarios para llevar a cabo la fecunda labor que con toda dignidad viene realizando en pro de la devoción a la Santísima Virgen.
